Graduado em Jornalismo pela Faculdade da Cidade, estudou cinema na Universidade de Nova Iorque, antes de se tornar diretor, editou documentários para Walter Salles e Eduardo Escorel, e a minisséries para TV Globo, como Agosto, também sobre os escândalos políticos que antecederam o suicídio de Vargas; e colaborou como assistente de direção com diretores como Cacá Diegues e Murilo Salles.

Em 2002, Janela da Alma, o primeiro longa-metragem de João Jardim, surpreendeu ao levar para tela uma temática pouco convencional. Com depoimentos do escritor José Saramago, do cineasta Wim Wenders e do músico Hermeto Pascoal, o filme fazia uma reflexão poética sobre as diferentes formas de olhar. Janela da Alma tornou-se a oitava bilheteria do ano entre os filmes nacionais, permanecendo em cartaz por 48 semanas – um recorde no segmento de documentários. O diretor ainda levou para casa oito prêmios, entre eles os de Melhor Documentário da Academia Brasileira de Cinema, da Mostra Internacional de São Paulo e dos festivais internacionais Message to Men (Rússia) e Ecocinema (Grécia).

Quatro anos mais tarde, João Jardim repetia o sucesso de público e crítica com Pro Dia Nascer Feliz, agraciado com dez prêmios – incluindo três de Melhor Documentário na Mostra de São Paulo (júris oficial, popular e da juventude) e três entre os mais importantes do Festival de Gramado: dois de Melhor Filme (crítica e júri popular) e o Prêmio Especial do Júri.